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宮崎 健太郎 みやざき けんたろう/教授(客員)/生命科学研究系
メディカル情報生命専攻/生命機能分子工学講座/微生物機能工学
https://staff.aist.go.jp/miyazaki-kentaro/group/

略歴
1989年3月東京工業大学理学部化学科卒業
1994年3月東京工業大学大学院総合理工学研究科生命科学専攻博士課程修了(理学博士)
1994年4月通商産業省工業技術院生命工学工業技術研究所研究員
1997年4月〜2000年3月米国カリフォルニア工科大学客員研究員
2000年4月(独)産業技術総合研究所 主任研究員
2000年10月〜2001年9月新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO) 副主任研究員
2004年4月〜(独)産業技術総合研究所 研究グループ長
2006年4月〜東京大学大学院新領域創成科学研究科准教授(客員)2011年より教授(客員)
教育活動
非常勤講師:東京工業大学生命理工学研究科、慶應義塾大学、東京農工大学、京都大学農学研究科、東京大学農学生命科学研究科
研究活動
微生物の多様性に着目し、有用遺伝子の探索(メタゲノミクス、文献1-6)、改変(進化分子工学)、生産(リボソーム工学)に関する研究を行っています。メタゲノミクスの研究からは、異種遺伝子の発現問題が派生し、とくに生物種間での翻訳特異性の解消や異種遺伝子の高発現化(文献8)を目指したリボソーム工学(文献9-11)へと発展させてきています。進化分子工学では、ランダムな変異体スクリーニングを通じて見えてくる複雑な仕組みの解明、タンパク質や生物進化の成り立ちに迫ります(文献12-16)。タンパク質の耐熱化(文献12-15)、封入体系性の解除(文献17)といった工学的に有用な応用研究、遺伝子変異手法やライブラリー構築の簡便法の開発など、様々な実験手法・材料の開発も手掛けています(文献18-22)。
[文献]
1) Suenaga H, Koyama Y, Miyakoshi M, Miyazaki R, Yano H, Sota M, Ohtsubo Y, Tsuda, M, Miyazaki K (2009) Novel organization of aromatic degradation pathway genes in a microbial community as revealed by metagenomic analysis. ISME J 3(12):1335-1348.
2) Suenaga H, Ohnuki T, Miyazaki K (2007) Functional screening of a metagenomic library for genes involved in microbial degradation of aromatic compounds. Environ Microbiol 9(9):2289-2297.
3) Uchiyama T, Yaoi K and Miyazaki K (2015) Glucose-tolerant β-glucosidase retrieved from a Kusaya gravy metagenome. Front Microbiol 6:548. doi: 10.3389/fmicb.2015.00548.
4) Uchiyama T, Miyazaki K, Yaoi K (2013) Characterization of a novel β-glucosidase from a compost microbial metagenome with strong transglycosylation activity. J Biol Chem 288(25):18325-18334.
5) Verma D, Kawarabayasi Y, Miyazaki K, Satyanarayana T (2013) Cloning, expression and characteristics of a novel alkalistable and thermostable xylanase encoding gene (mxyl) retrieved from compost-soil metagenome. PLOS ONE 8(1):e52459.
6) Uchiyama T, Miyazaki K (2013) Metagenomic screening for aromatic compound-responsive transcriptional regulators. PLOS ONE 8(9):e75795.
7) Uchiyama T, Miyazaki K (2010) Product-induced gene expression, a product-responsive reporter assay used to screen metagenomic libraries for enzyme-encoding genes. Appl Environ Microbiol 76(21):7029-7035.
8) Uchiyama T, Miyazaki K (2009) Functional metagenomics for enzyme discovery: challenges to efficient screening. Curr Opin Biotechnol 20(6):616-622.
9) Miyazaki K, Sato M, Tsukuda M (2017) PCR primer design for 16S rRNAs for experimental horizontal gene transfer test in Escherichia coli. Front. Bioeng. Biotechnol. 5:14. doi: 10.3389/fbioe.2017.00014
10) Kitahara K, Miyazaki K (2013) Revisiting bacterial phylogeny: Natural and experimental evidence for horizontal gene transfer of 16S rRNA. Mob Genet Elements 3(1):e24210.
11) Kitahara K, Yasutake Y, Miyazaki K (2012) Mutational robustness of 16S ribosomal RNA, shown by experimental horizontal gene transfer in Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci USA 109(47):19220-19225.
12) Arnold FH, Wintrode PL, Miyazaki K, Gershenson A (2001) How enzymes adapt: lessons from directed evolution. Trends Biochem Sci 26(2)100-106.
13) Wintrode PL, Miyazaki K, Arnold FH (2000) Cold adaptation of a mesophilic subtilisin -like protease by directed evolution. J Biol Chem 275(41):31635-31640.
14) Miyazaki K, Wintrode PL, Grayling RA, Rubingh DN, Arnold FH (2000) Directed evolution study of temperature adaptation in a psychrophilic enzyme. J Mol Biol 297(4):1015-1026.
15) Miyazaki K, Arnold FH (1999) Exploring nonnatural evolutionary pathways by saturation mutagenesis: rapid improvement of protein function. J Mol Evol 49(6):716-720.
16) Tsukuda M, Miyazaki K (2013) Directed evolution study unveiling key sequence factors that affect translation efficiency in Escherichia coli. J Biosci Bioeng 116(5):540-545.
17) Yaoi K, Kondo H, Hiyoshi A, Noro N, Sugimoto H, Tsuda S, Mitsuishi Y, Miyazaki K (2007) Structure basis for the exo-mode of action in GH74 oligoxyloglucan reducing end-specific cellobiohydrolase. J Mol Biol 370(1):53-62.
18) Tsukuda M, Nakashima N, Miyazaki K (2015) Counterselection method based on conditional silencing of antitoxin genes in Escherichia coli. J Biosci Bioeng 120(5):591-595.
19) Miyazaki K (2015) Molecular engineering of a PheS counterselection marker for improved operating efficiency in Escherichia coli. Biotechniques 58(2):86-88.
20) Miyazaki K (2010) Lethal ccdB gene-based zero-background vector for construction of shotgun libraries. J Biosci Bioeng 110(3):372-373.
21) Miyazaki K, Takenouchi M (2002) Creating random mutagenesis libraries using megaprimer PCR of whole plasmid. Biotechniques 33(5):1033-1034, 1036-1038.
22) Miyazaki K (2002) Random DNA fragmentation with endonuclease V: application to DNA shuffling. Nucleic Acids Res 30(24):e139.
その他
日本農芸化学会、日本生物工学会、「細胞を創る」研究会、極限環境生物学会 各会員。
日本農芸化学会代議員(2008〜2010)、国家公務員試験専門委員(2010〜2011)、極限環境生物学会評議員(2016〜現在)、極限環境生物学会シンポジウム委員(2008-2011)、Applied and Environmental Microbiology Editorial Board(2015-現在)等。
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将来計画
教員からのメッセージ
オリジナルなアイデアを生み出し、実験により検証し、結果を世に問う という研究者の営みを一緒にやりましょう。アイデアを実現するにはある程度の実験技術が必要です。指導教官とベンチを並べて実験をしている間に、実験操作や手順など細かな技術は自然と学べます。雑談のなかから、ものの考え方が自然に身につきます。主体的・能動的・徹底的に研究に取り組む学生とともにアツく研究を進めたいと思っています。
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